Ju 86ablMẫu thử ném bom đầu tiên.Ju 86balMấu thử vận tải thứ hai.Ju 86cbMẫu thử ném bom thứ ba.Ju 86 V4Mẫu thử cho máy bay vận tải thương mại Ju 86B.Ju 86 V5Mẫu thử cho máy bay ném bom Ju 86A.Ju 86A-013 chiếc thuộc lô sản xuất hạn chế đầu tiên.Ju 86A-1Phiên bản ném bom đầu tiên.Ju 86B-07 chiếc sản xuất thử thuộc lô phiên bản vận tải.Ju 86C-16 chiếc cho Luft Hansa, lắp 2 động cơ
Junkers Jumo 205C.Ju 86D-1Phiên bản ném bom.Ju 86E-1Phiên bản ném bom cho Luftwaffe, lắp 2 động cơ
BMW 132F.Ju 86E-2Lắp 2 động cơ BMW 132N.
Ju 86GJu 86G-1Lắp mũi kính.Ju 86E-2Phiên bản nâng cấp của Ju 86E-1.Ju 86K-1Phiên bản xuất khẩu cho Nam Phi và Thụy Điển.Ju 86K-2Phiên bản xuất khẩu cho
Hungary.Ju 86K-4Phiên bản xuất khẩu cho Thụy Điển, giống với Ju 86K-1, nhưng lắp 2 động cơ
Bristol Pegasus III.Ju 86K-5Phiên bản máy bay ném bom do Thụy Điển chế tạo, lắp 2 động cơ Bristol Pegasus XII.Ju 86K-6Phiên bản xuất khẩu cho
Chile và
Bồ Đào Nha.Ju 86K-7Phiên bản xuất khẩu cho
Áo với động cơ BMW 132.
[2]Ju 86K-13Phiên bản máy bay ném bom do Thụy Điển chế tạo.Ju 86P-1Phiên bản tiêm kích tầng cao, lắp 2 động cơ Jumo 207.Ju 86P-2Phiên bản trinh sát không ảnh.Ju 86R-1Phiên bản trinh sát.Ju 86R-2Phiên bản ném bom.Ju 86R-3Lắp 2 động cơ Jumo 208.Ju 186Mẫu ném bom tầng cao 4 động cơ đề xuất. Không chế tạo.Ju 286Mẫu ném bom tầng cao 6 động cơ đề xuất. Không chế tạo.
